Με τη νέα διαδικασία επιστροφής ΦΠΑ έχει επιταχυνθεί η διαδικασία επιστροφής γεγονός το οποίο αποδεικνύεται από το γεγονός της μείωσης των εκκρεμοτήτων επιστροφής από 1,120 δις περίπου το Μάρτιο του 2013 στα 0,86 δις σήμερα (στοιχεία Νοεμβρίου 2015).
Το μεγαλύτερο ποσοστό των αιτήσεων που δεν έχουν διεκπεραιωθεί έχουν επιλεγεί προς έλεγχο, γεγονός που καθυστερεί την ολοκλήρωση της σχετικής διαδικασίας.
Με την απόφαση της Γενικής Γραμματέως Δημοσίων Εσόδων οι εξαγωγικές επιχειρήσεις που επιδεικνύουν σοβαρή συμμόρφωση προς τις φορολογικές τους υποχρεώσεις λαμβάνουν άμεσα την επιστροφή ΦΠΑ.
Ο κος Τρ. Αλεξιάδης προσθέτει στο απαντητικό έγγραφο επίσης, ότι οι υπηρεσίες του Υπουργείου Οικονομικών εξετάζουν σε συνεχή βάση την περαιτέρω βελτίωση του συστήματος με στόχο την ολοκλήρωση της επιστροφής το αργότερο εντός 90 ημερών από την υποβολής της σχετικής αίτησης.
Προκειμένου να περιορισθεί ο απαιτούμενος χρόνος για την επιστροφή του πιστωτικού υπολοίπου Φ.Π.Α., των υποθέσεων εκείνων των οποίων η επιστροφή διενεργείται μετά από έλεγχο, η Δ/νση Ελέγχων προέκρινε την διενέργεια μερικού επιτόπιου ελέγχου έναντι του πλήρους ελέγχου για την πλειονότητα των υποθέσεων.
Ταυτόχρονα, για την εκπλήρωση του στόχου της μείωσης του απαιτούμενου χρόνου για την επιστροφή του πιστωτικού υπολοίπου Φ.Π.Α. αλλά και για τη διασφάλιση των συμφερόντων του Δημοσίου, εξέδωσε την με αριθμό πρωτ. ΔΕΛ A 1197280 ΕΞ 2013/24.12.2013 εγκύκλιο διαταγή, με την οποία παρείχε οδηγίες προς τις ελεγκτικές υπηρεσίες της για την ταχύτερη διεκπεραίωση των μερικών επιτόπιων ελέγχων επιστροφής Φ.Π.Α.
Ολοκληρώνοντας την απάντησή του ο αναπληρωτής υπουργός Οικονομικών επισημαίνει ότι οι ελεγκτικές Υπηρεσίες είναι επιφορτισμένες με πλήθος ελέγχων (εισαγγελικές παραγγελίες, λίστες, στοχευμένοι έλεγχοι κ.λ.π.) συνεπώς είναι φανερό ότι ενδέχεται να υπάρχει σχετική καθυστέρηση στην ολοκλήρωση των ελέγχων.