Διευκρινίσεις για την υποβολή τροποποιητικών φορολογικών δηλώσεων παρέχει με εγκύκλιο που εξέδωσε η Γενική Γραμματεία Δημοσίων Εσόδων.
Αν ο φορολογούμενος υποβάλει τροποποιητική φορολογική δήλωση εντός της προθεσμίας υποβολής της αρχικής φορολογικής δήλωσης, τότε και η τροποποιητική φορολογική δήλωση επέχει θέση αρχικής δήλωσης και θεωρείται ότι και οι δύο, αρχική και τροποποιητική έχουν υποβληθεί εμπρόθεσμα (παρ. 2).
α) Καταρχήν, στην κατά το άρθρο 19 του Κ.Φ.Δ. (ν.4174/2013) έννοια της τροποποιητικής δήλωσης, ο νομοθέτης περιέλαβε τόσο την υπό ισχύ της παρ. 1 του άρθρου 62 του ν.2238/1994 προβλεπόμενη συμπληρωματική δήλωση, με την οποία ο φορολογούμενος επαύξανε τις φορολογικές υποχρεώσεις του, όσο και την κατά την παρ. 4 του άρθρου 64 του ν.2238/1994 ανακλητική δήλωση, με την οποία ο φορολογούμενος απέβλεπε στη μείωση των υποχρεώσεών του που προέκυπταν από την αρχική δήλωσή του.
β) Η, μετά την παραγραφή του δικαιώματος του Δημοσίου, υποβολή τροποποιητικής δήλωσης (εν είδει συμπληρωματικής τοιαύτης), από την οποία προέκυψε αυξημένη φορολογητέα ύλη σε σχέση με αυτήν της αρχικής δήλωσης και συνακολούθως επί πλέον καταβλητέος φόρος, ανάγεται στη σφαίρα της βούλησης και των νόμιμων επιλογών του φορολογουμένου, αφού, ως έχει κριθεί, η, υπέρ του φορολογουμένου, θεσπισμένη παραγραφή του δικαιώματος επιβολής του φόρου από το Δημόσιο συνιστά γνήσια παραγραφή (ΣτΕ 3643/2013, 1378/2006, 2950/2005, 1626/2001 κ.α.) και ως εκ τούτου η εξ αυτής παραίτηση του φορολογουμένου είναι καθ’ όλα επιτρεπτή (ΣτΕ 3788/2005).
γ) Στην περίπτωση που υποβλήθηκαν τροποποιητικές δηλώσεις, οι οποίες αντιστοιχούν στις προαναφερθείσες πρώην συμπληρωματικές δηλώσεις των οποίων η υποβολή είναι υποχρεωτική, ανεξάρτητα αν έχουν υποβληθεί πριν ή μετά την παραγραφή του δικαιώματος του Δημοσίου να επιβάλει τον φόρο, η φορολογική αρχή νομίμως αποδέχθηκε την υποβολή τους και επέβαλε τον, δυνάμει αυτών, προκύψαντα κύριο και πρόσθετο φόρο, καθώς επίσης νομίμως υπήγαγε την εταιρεία στις ευεργετικές διατάξεις του άρθρου 1 του ν.4321/2015 και, ως εκ τούτου, δεν υπάρχει νόμιμη δυνατότητα για την εκ νέου επιβολή και είσπραξη των ως άνω επιβαρύνσεων.”