Εγκύκλιος με διευκρινίσεις για την εφαρμογή του νέου αναπτυξιακού νόμου εκδόθηκε από το Υπουργείο Οικονομίας.
Στο Τμήμα Β’ (άρθρα 70 έως 75) του νόμου συστήνεται το Αναπτυξιακό Συμβούλιο στο Υπουργείο Οικονομίας και Ανάπτυξης με αρμοδιότητες που αναφέρονται στο άρθρο 72 παρ. 2 του Νόμου, ενώ στο Τμήμα Γ’ (άρθρα 76 έως και 85) έχουν θεσμοθετηθεί ρυθμίσεις για την αντιμετώπιση ζητημάτων των προηγούμενων αναπτυξιακών νόμων, κυρίως των Ν. 3908/2011 και Ν.3299/2004 .
Στη συνέχεια εκδόθηκε ο Ν. 4441/2016 (Α’227) «Απλοποίηση διαδικασιών σύστασης επιχειρήσεων, άρση κανονιστικών εμποδίων στον ανταγωνισμό και λοιπές διατάξεις», όπου στο άρθρο 19 τροποποιούνται κάποιες διατάξεις του νέου αναπτυξιακού νόμου οι οποίες αφορούν κυρίως στη δημιουργία των νέων καθεστώτων ενίσχυσης αλλά και στην λειτουργία και εφαρμογή των προηγούμενων νόμων 3299/2004 και 3908/2011.
Το Υπουργείο Οικονομίας και Ανάπτυξης, μέσω της αρμόδιας υπηρεσίας Γενικής Διεύθυνσης Ιδιωτικών Επενδύσεων, λαμβάνοντας υπ’ όψιν ερωτήματα που έχουν διατυπωθεί προφορικά και γραπτά από τις Υπηρεσίες εφαρμογής των αναπτυξιακών νόμων αλλά και από επιχειρηματικούς φορείς ενισχυόμενων επενδυτικών σχεδίων σχετικά με την εφαρμογή των διατάξεων του νόμου 4399/2016, θα εκδώσει ερμηνευτικές Εγκυκλίους αλλά και διοικητικά έγγραφα που θα εξειδικεύουν τις νομοθετικές διατάξεις με βασικό σκοπό την ενιαία αντιμετώπιση όλων των ανακυψάντων προβλημάτων αλλά και εν γένει υπαρχόντων εκκρεμοτήτων.“